Na základě novely ZDP je možné již od roku 2009 uplatňovat paušální výdaje na dopravu, které jsou alternativou ke knize jízd, do té doby jediné možné variantě daňového uplatnění provozních výloh vozidla.

Smysl výdajového paušálu na auto je ve zjednodušení a ulehčení administrativy podnikatelům, kdy platí, že deník jízd je po dlouhé roky považován za jednu z nejvíce obtěžujících povinností podnikatele (viz například absurdita roku 2008, www.firmaroku.cz/absurdita-roku).

Základní výše paušálu na dopravu je 5 000 Kč za měsíc a jedno auto. Lze použít max. pro 3 vozy, a to na auta zařazená i nezařazená do majetku firmy, auta na operativní leasing a jinak pronajmutá, kromě vozů bezplatně vypůjčených, aut na finanční leasing a vozů na úvěr se zajišťovacím právem prodejce, kdy je auto rovněž používáno jako bezplatně vypůjčené.

Používá-li poplatník vozidlo pouze zčásti k dosažení, zajištění a udržení zdanitelného příjmu, může na něj uplatnit pouze krácený paušální výdaj na dopravu ve výši 4 000 Kč měsíčně (např. při použití auta i pro soukromé účely). Krátí se jen u jednoho vozu, ostatní auta s paušálem 100%.
Přenechat auto k užívání lze jen zaměstnancům (a jen ke služebním jízdám) nebo spolupracující osobě (nikoliv např. členům sdružení fyzických osob, rodinným příslušníkům atd.).
Během roku nelze u jednoho vozu kombinovat různé způsoby výdajů.
Za všechny používané vozy se platí silniční daň,  (ale u příjmů z pronájmu dle §9 se silniční daň neplatí. Nejde o podnikání, a to ani podle jiných předpisů, jinou samostatnou výdělečnou činnost, apod.).
Použít lze pro příjmy z podnikání §7 a pronájmu §9 (ZDP)

Paušální výdaje se uvádí až v daňovém přiznání.
Paušální výdaje na auto nemůže použít ten, kdo už využívá celkové paušální výdaje procentem z příjmů.

Pro auto zařazené v obchodním majetku:

– lze navíc použít i prokázané výdaje (opravy a údržba, pojistka, odpisy)
– v případě, že se paušál krátí na 4.000 Kč, krátí se na 80% i prokázané výdaje. Pokud se krátí paušál, krátí se i tedy další náklady (ale vždy jen u jednoho vozu). Výdajový paušál se může krátit jen v měsíci, kdy je k tomu důvod, ostatní výdaje včetně odpisů se, ale pak musí krátit po celý rok.
– nelze uplatnit výdaje za pohonné hmoty (DPH související s nakoupenými PHM nárokovat lze, ale pak je nutné doložit daňovými doklady a vést deník jízd).
– nelze uplatnit parkovné
– deník jízd není potřeba vést z hlediska daně z příjmu ani kvůli dokazování, že je auto používáno výhradě k podnikání apod. Výdaje (náklady) vynaložené na dosažení, zajištění a udržení příjmů řeší Zákon č. 586/1992 Sb., o daních z příjmů v §24. Konkrétně je pak v §24, odst. 2, písm. zt) mimo jiné obsaženo toto: Pro účely tohoto zákona se má za to, že poplatník užívá silniční motorové vozidlo, u kterého uplatňuje paušální výdaj na dopravu, výlučně k dosažení, zajištění nebo udržení zdanitelných příjmů, pokud tak prohlásí, není-li prokázáno jinak.

Pokud si uplatníte DPH z nákupu (PHM, auta či souvisejících výdajů) bude deník jízd správcem daně vyžadován.
Pozor také na nutnost vedení deníku jízd např. v souvislosti s předpisy BOZP u zaměstnanců apod.

Zdroj: www.portal-pohoda.cz a www.help1.cz