Právní úprava kontrolního hlášení byla do zákona o DPH zavedena na konci roku 2014 novelou č. 360/2014 Sb., a to s účinností od 1.1.2016. Novela zákona o DPH od 29.7.2016 přinesla změnu ve lhůtě pro podávání následného kontrolního hlášení po výzvě správce daně a dílčí změny pokut souvisejících s kontrolním hlášením; kontrolního hlášení (konkrétně oddílu A.2) se týká uplatnění reverse charge při nákupu zboží v ČR od osoby v ČR neusazené, který se v tomto případě začal uplatňovat od 29.7.2016.
K poslední změně v právní úpravě kontrolního hlášení došlo nálezem Ústavního soudu sp. zn. Pl. ÚS 32/15 (nález byl vyhlášen ve Sbírce zákonů 15.2.2017 pod č. 40/2017 Sb.). Ústavní soud shledal jako protiústavní tato dvě ustanovení:
- § 101d odst. 1, které ukládá plátci povinnost uvést v kontrolním hlášení „předepsané údaje potřebné pro správu daně“. Konkrétní údaje, které jsou obsahem kontrolního hlášení, však nejsou stanoveny zákonem, ale stanovuje je finanční správa. Do budoucna (ÚS toto ustanovení zrušil k 31.12.2017) tedy bude muset být obsah kontrolního hlášení stanoven zákonem – otázkou je, zda úprava, která bude přijata, přinese pro plátce daně nějakou věcnou změnu.
- § 101g odst. 5, podle kterého může být výzva k podání kontrolního hlášení (posílaná e-mailem) považována za doručenou okamžikem odeslání správcem daně. Tuto úpravu nález Ústavního soudu ruší již k datu vyhlášení ve Sbírce zákonů, tj. k 15.2.2017. Z praktického hlediska by měl být názor ÚS použitelný i zpětně. Mohli by jej využít ti plátci daně, kterým byla výzva poslána na e-mail a nestihli by na tuto výzvu zareagovat do 5 pracovních dnů od odeslání e-mailu a byla by jim uložena pokuta za nepodání následného kontrolního hlášení v zákonné lhůtě (tato pokuta činí 30 tis. Kč) – zřejmě by obstál jejich argument, že lhůta pro podání následného kontrolního hlášení nemůže začít běžet okamžikem odeslání e-mailu, ale např. až okamžikem prokazatelného doručení tohoto e-mailu.